これは、日本語の「はい」「いいえ」と英語の「yes」「no」の違いにより、問題が生じやすいからということですが、もう少し踏み込んで解釈すると、これは省略表現の問題であると考えられます。
有名なジョークにこういうものがあります。「諾否疑問文は必ずyes/noで答えられるはずだ」と主張する男性に対して、「それではyes/noでお答えください」と質問が投げかけられます。「あなたは毎晩、奥さんを殴るのをもうやめましたか?」と。
諾否疑問文は定型文で答えられることを想定した表現であり、定型文だからこそ、yes/noという省略表現が可能になるわけです。上の例のように、前提となる事実認識が違っている等、定型文で答えられない場合にはyes/noを使うことはできません。
定型文でそのまま答えれば誤解や勘違いは生じないわけですが、省略表現を用いる場合には、省略方法の自由度が存在するために、誤解や勘違いが生まれる余地が出てきます。
しかし、だからと言って、省略表現を全面的に禁止してしまうと無駄に冗長になり、冗長さは別の誤解を発生させる可能性を生んでしまうことにもなります。
Scientific Englicでは、省略表現は原文と表示の2層構造で対応しようと思っています。原文では省略表現を禁止して全てをそのまま入力します。それを相手が受け取る際には、相手の選択した程度の省略表現で機械的に処理をされて表示されます。省略表現が機械的に処理されること、相手に表示方法の選択権があること、情報が失われずに原文までのトレースができることの3点が、ここでのポイントになります。
機械的処理のアルゴリズムについては、技術の問題ですので、言語側で仕様を制限しない方がよいと思われます。伝統的なやり方から、概要形式のまとめの自動作成まで様々な可能性がありえます。
原文を入力するのが大変になるのではないかという心配をされる方もいるかもしれませんが、これはプログラムのコードを書く時と同じ話で、エディタや入力装置の補完技術で十分に対応することができます。
電子端末はそれでいいとして、紙媒体はどうなるのかという疑問もあるかと思いますが、それは編集者が省略表現を決めて、機械的に処理して印刷すればいいだけの話です。この部分は今までのやり方とさほど変わりません。そもそも記法の統一は、本来は執筆者の仕事ではなく、編集者の仕事なのです。
原文と表示を分けて考えることができるようになれば、省略表現の問題は自動的に解決されます。また、執筆時に余計な気を使うことも減りますので、論理性と正確性のみに傾注することができるようになります。